Если по договору комиссии реализуются бывшие в употреблении товары, принятые от лиц, не зарегистрированных плательщиками НДС, то базой налогообложения является комиссионной вознаграждение комиссионера. Пунктом 4.7 Закона об НДС также определены даты возникновения налоговых последствий у сторон договора комиссии. Датой увеличения налоговых обязательств (НО) комиссионера является либо дата получения денежных средств от покупателя, либо дата отгрузки товаров покупателю (т. е. первое из событий).

Датой увеличения налогового кредита (НК) комиссионера является дата перечисления денежных средств в пользу комитента или предоставления последнему других видов компенсации стоимости указанных товаров. Датой увеличения налоговых обязательств (НО) комитента является дата получения денежных средств или других видов компенсации стоимости товаров от комиссионера. Таким образом, при продаже товаров покупателю налогового обязательства по НДС (по первому из событий) возникают именно у комиссионера, в подтверждение которых он на имя покупателя выписывает налоговую накладную.

На следующем этапе — при получении средств от комиссионера за проданный товар — комитент отражает налоговые обязательства по НДС и выписывает налоговую накладную на имя комиссионера. На основании этой налоговой накладной комиссионер имеет право отнести суммы НДС в налоговый кредит.
Как правило, заключительным этапом договора комиссии является получение комиссионером платы за предоставленные услуги по реализации товара — комиссионного вознаграждения.

При получении денежных средств от комитента или при подписании акта выполненных работ (по первому из событий) у комиссионера возникают налоговые обязательства, по НДС исходя из стоимость предоставленных услуг. При этом комиссионер выписывает на имя комитента налоговую накладную, на основании которой комитент включает сумму НДС в состав налогового кредита.